С момента окончания 1 сезона в мире Наруто прошло 2 года с тех пор, как Узумаки Наруто ушел с Джираей в путешествие. Наконец он возвращается снова в Коноху уже более повзрослевшим, опытным и сильным шиноби. Двое других участников бывшей команды №7 тоже не сидели сложа руки. Пока Наруто тренировался у легендарного саннина Джирайи, Харуно Сакура проходила обучение у саннина Цунаде - Хокаге деревни и знатока медицинских техник. Учиха Саске, покинув Коноху, попал к змеиному саннину - Орочимару, который занялся его подготовкой. Однако у Орочимару есть и более корыстные планы на Саске... Все шиноби прилично изменились. Но Наруто не собирается уступать им.

Пока Наруто был в путешествии с Извращенным Отшельником, Акацки начали действовать... Организация, чьи участники являются невероятно мощными шиноби, планируют захватывать одного джинчуурики за другим. Теперь все деревни мира Наруто в опасности, мало кто может противостоять столь сильным ниндзя. Что если они станут нападать прямо на скрытые деревни или даже страны, зачем им носители хвостатых демонов, придут ли они за Наруто и какова дальнейшая судьба мира ниндзя?